现阶段所有正在应用或试用中的免疫抑制剂对人体正常的免疫防御功能均有负影响作用，只是严重程度及副作用表现不同而已。若使用得当，则可以适当降低机体对移植器官的免疫反应性，避免或减少排斥反应的发生，使移植器官发挥其相应功能，从而维持受者生命，恢复正常的生活。若使用不当，一方面可过度抑制机体免疫反应性，引起各种严重的甚至致命性的感染或恶性肿瘤；另一方面，免疫抑制剂对机体及移植器官本身具有毒性作用，造成相应的器官功能障碍或移植器丧失功能，导致患者死亡。 现有免疫抑制剂的治疗剂量与产生毒性作用的剂量往往很接近，又由于移植患者的人种、年龄、术前病史、移植器官种类及其质量、术后个体反应性（包括胃肠道吸收功能、肝肾功能）等诸多方面因素的千差万别，使临床医生无法统一免疫抑制剂的使用方法，因此，更多地是依赖医生的经验来使用。经过几十年的临床经验积累，各移植中心总结制定了不同的治疗方案。同样，器官移植患者在术后不同时期，所应用的免疫抑制剂的种类及剂量也不一样。所以，肾移植的患者，无论是在医院，还是在出院后，都必须按照医生的要求按时、按剂量服药，并定期至医院复查，以便医生根据患者在不同时期及健康状态拟定不同的治疗方案。
目前各器官移植中心最多采应用的治疗方案为二联或三联免疫抑制剂，主要免疫抑制剂包括以下几种：环孢素A(CsA)、FK-506、硫唑嘌吟(Aza)、骁悉（Cellcept）、强的松（Pred）。由于CsA 与FK-506、Aza与Cellcept作用机理相似，故不同时使用。 二联治疗方案为：CsA+Pred FK-506+Pred 三联治疗方案为：CsA+ Cellcept+Pred CsA+Aza +Pred FK-506+ Cellcept+Pred FK-506+Aza+Pred
CsA与 FK-506： 两者作用机理相似，毒性大小相似，而FK506似乎对移植器官长期成活更有利，者的主要毒副作用均为肝毒性和肾毒性，且个体差异较大，都需定期检测其谷值浓度，并根据临床表现和术后时间来调整其剂量。此外，部分抗生素、抗真菌药物、抗痨药物等能影响二者在人体内的吸收、代谢，从而影响其血浓度，加重其肾损害。所以，器官移植病人最好能在专科医生的指导下用药。
Cellcept：Cellcept是一种新型的免疫抑制剂，与CsA和 FK-506、强的松等联合应用具有抗排斥反应的效果，而无明显的肝、肾及骨髓毒性作用。与CsA合用呈正相关，而未增加毒副作用。联合用药可减少CsA的用量，而保持足够的免疫抑制治疗效应，又可避免高剂量CsA所引起的肾毒 。