病毒吸附在细胞表面含唾液酸的糖蛋白受体上，然后通过受体介导的细胞内吞作用，病毒进入细胞。这包括暴露于核内体内的低pH，导致HA的构象改变介导膜融合。这样，核衣壳便进入胞浆并移向胞核。流感病毒利用独特的机理转录。启动转录时，病毒的核酸内切酶从宿主细胞的mRNA上切下5′帽子结构，并以此作为病毒转录酶进行转录的引物。产生出6个单顺子的mRNA，并转译成HA、NA、NP和三种聚合酶(PB1、PB2和PA)。NS和M基因的mRNA进行拼接，每一个产生出两个mRNA，依不同阅读框架进行转译，产生NS1、NS2、M1和M2蛋白。HA和NA在粗面内质网内糖基化，在高尔基体内修饰，然后转运到表面，植入细胞膜中，HA需要宿主细胞蛋白酶将其裂解成HA1和HA2，但两者仍以二硫键相连，这种裂解可生成传染性病毒，并以出芽方式从质膜排出细胞。
(1)抗原漂移：抗原性漂移是由编码HA和/或NA蛋白的基因发生点突变引起的，是在免疫群体中筛选变异体的反应，它可引起致病性更强病毒的出现。
目前进行的实验室检验正设法最终确定该病毒是否能够由人类传染给人类，最终造成环球瘟疫。世界卫生组织及越南专家都强调，目前还没有证据显示该病毒可以由人类传染给人类。不过，世界卫生组织警告，如果病毒变异，后果将非常严重。
至今由禽鸟传人的禽流感有三种：甲型H5N1、甲型H7N7及甲型H9N2。禽流感主要通过横向传播，即通过易感禽类与感染禽类的直接接触或与病毒污染物的间接接触而传播，如被污染的饮水、飞沫、饲料及其他被污染的蛋筐、蛋盘、运输工具等。被病毒污染的羽毛和粪便是重要的传染物，因为病毒含量高而且存活时间长，应特别注意。该病能否垂直传播，目前尚无足够的证据，但从自然感染禽流感病毒的鸡蛋蛋黄、蛋清及蛋壳中均能分离到病毒，所以感染鸡群的蛋不能用作孵化，不经消毒处理的不能运至非疫区。人感染禽流感的主要传播
途径是接触染病的鸡、鸭，也存在呼吸道传播的可能。
在日本惟一发生禽流感疫情的山口县阿东町养鸡场曾一直采取严格的消毒措施，专家认为通过人员往来传染禽流感的可能性不大。医学家迄今仍未能确认禽流感病毒向人类传播的具体方式，未能找到高致病性的Ｈ５Ｎ１型禽流感病毒可能在人类传染的证据。
尚未见到文献报道禽流感在人间传播流行，未见到与禽流感病人密切接触的医务人员受感染发病。据此专家推测：目前人与人之间传播禽流感的可能性不大。但不能完全排除人与人之间传播禽流感的可能性，因为禽流感病毒进入人体后，有可能与人体内原有的流感病毒发生基因重组，产生新的流感病毒，导致更难控制的人流感流行。
此次肆虐亚洲的禽流感病毒大都为Ｈ５Ｎ１型，专家认为病毒有可能是从一个传染源逐渐蔓延而形成现在的规模。一些国家边境上的生鸡市场有可能是重要的传染途径。北海道大学兽医系教授喜田宏说，亚洲南部各国边境接壤地区的生鸡市场很多，生鸡跨国界交易时
其次，病毒也可能通过候鸟传播，致使疫情蔓延。日本山口县阿东町养鸡场一直采取严格的消毒措施，养鸡场工作人员在韩国发生禽流感疫情后没去过韩国。所以，专家认为通过人员往来传染禽流感病毒的可能性不大，可能是从韩国飞来越冬的候鸟通过粪便等污染水源，导致山口县发生禽流感。既然候鸟有可能在日韩两国之间传播病毒，那么在亚洲其他地区候鸟也有可能扮演这样的角色。