尖锐湿疣发病部位主要在男女外生殖器和肛门部位，并且容易发生在温暖、潮湿的皮肤粘膜处。少数发生在外生殖器和肛门以外的部位，如口腔等部位。在男性外生殖器部位的尖锐湿疣主要发生于包皮、冠状沟、系带和龟头，其他部位有尿道口、尿道内、阴茎体、阴茎根、耻部、阴囊；在女性外生殖器部位的尖锐湿疣主要发生于大小阴唇、阴道口、后联合，以及尿道口、隐窝、阴蒂、阴阜、阴道壁、宫颈等部位。肛门区的尖锐湿疣主要发生在肛门、肛门周围、臀间区以及肛管和直肠。
    在肛门外生殖器不同部位尖锐湿疣发病情况有所不同。有极少数患者尖锐湿疣损害发生在单一部位，而大多数患者尖锐湿疣损害发生在多个部位，如女性大小阴唇部位发生尖锐湿疣损害，也可伴有阴道壁、宫颈等多个部位发生尖锐湿疣损害，在外阴部发生尖锐湿疣损害者可有肛门部位发病等。Brown等报告男女性外牛殖器疣的好发部位及频率，见表8-1。其中肛门区发生频率高低与是否肛交有关尚待进一步观察。曹宁校等观察了肛周尖锐湿疣的发病情况，在708例尖锐湿疣中，肛周受累者188例，占总病例数的26.6％，其中男性104例，占男性患者的25.6％，女性84例，占女性患者的27.9％。外生殖器肛周均受累者116例，占总病例数的16.38％，其中男性41例，占男性患者的10.1％，女性75例，占女性患者的24.9％。外生殖器和肛门均受累者所占比例女性明显高于男性，可能与女性外生殖器官更靠近肛门，使肛周的尖锐湿疣感染率增加有关。Oriel对女性尖锐湿疣发生部位及频率的调查结果见表8-2。国内张景政等统计了213例男女性尖锐湿疣损害分布部位及发生率，其结果见表8-3和表8-4。汪伸铭调查了291例男性尖锐湿疣的亚临床感染以及临床损害分布，见表8-5。作者的1078例尖锐湿疣中，男女性尖锐湿疣损害发生部位及发生率结果统计，见表8-6和表8-7。
表8—1 外生殖器疣好发部位及频率

男性	病例	百分比(波动范围)	女性	病例	百分比(波动范围)
包皮	65	(49-80)	外阴	85	(77-94)
龟头	46	(20-70)	肛门区	58	(13-85)
尿道	34	(24—45)	阴道	42	(32-52)
阴茎体	27	(16-55)	宫颈	34	(16-64)
阴囊	23	(20-25)
肛门区	0	( 3-15)

表8-2 女性尖锐湿疣好发部位及频率

部 位	频率(％)
阴道	73
小阴唇、阴蒂	32
大阴唇	31
会阴	18
肛门	18
阴道	15
宫颈	8
尿道	8

表8-3 112例男性尖锐湿疣患者皮损分布部位及发生率

部 位	例 次	发生率(％)
尿道口	16	14.3
龟头	18	16.1
冠状沟	51	45.5
系带	38	33.9
包皮内板	60	53.6
包皮外板	15	13.4
阴茎体及根部	8	7.1
阴囊	7	6.3
会阴	2	1.8
肛门	14	12.5
直肠	2	1.8

表8-4 101例女性尖锐湿疣患者皮损分布部位及发生率

部 位	例 次	发生率(％)
尿道口	21	20.8
大阴唇	41	40.6
小阴唇	55	54.5
后联合	64	63.4
阴道口及处女膜	41	40.6
隐窝	14	13.9
阴道壁	30	29.7
宫颈	27	26.7
阴蒂	23	22.8
阴阜	4	4.0
会阴	4	4.0
肛门	21	20.8
直肠	3	3.0

表8-5 291例男性尖锐湿疣临床与亚临床损害分布

部 位	临床损害例次(％)	亚临床损害例次(％)
尿道	13 (1.4)	0 (0)
舟状窝	37 (4.1)	21 (2.3)
系带	143 (15.8)	43 (4.8)
龟头	58 (6.4)	37 (4.1)
冠状沟	136 (15.1)	69 (7.6)
包皮	208 (23.0)	93 (10.3)
阴茎	16 (1.8)	11 (1.2)
阴囊	7 (0.8)	11 (1.2)

表8-6 510例男性外生殖器及肛门尖锐湿疣损害分布与发生率

部 位	例 次	发生率(％)
包皮内侧	306	60.0
冠状沟	287	56.3
系带	184	36.1
包皮外侧	164	32.2
龟头	119	23.3
肛门	110	21.6
尿道	95	18.6
阴茎体	34	6.7
阴囊	29	5.7
会阴	21	4.1
直肠	10	1.9

表8-7 568例女性外生殖器及肛门尖锐湿疣损害分布与发生率

部 位	例 次	发生率(％)
小阴唇	342	60.2
阴道	304	53.5
后联合	256	52.1
大阴唇	189	33.3
隐窝	162	28.5
肛门	138	24.3
阴道壁	113	19.9
会阴	96	16.9
尿道	77	13.6
宫颈	69	12.1
阴蒂	32	5.6
阴阜	25	4.4
直肠	16	2.8

    从以上这些调查统计结果来看，外生殖器和肛门尖锐湿疣的发病部位以在性活动过程中皮肤粘膜直接接触的部位和／或容易受到擦伤且潮湿的部位为好发部位。
    除了上述好发部位外，尖锐湿疣还可发生在外生殖器和肛门区以外的部位。尖锐湿疣可发生于口腔如颊粘膜、舌背、舌尖、舌缘、舌下以及舌系带部位，上下口唇、口角部，咽喉部如喉、声带、悬雍垂等处。发生于这些部位的尖锐湿疣常与口交或舐阴有关。作者所见到的8例(女性5例，男性3例)口腔粘膜、舌尖、舌系带和下口唇的尖锐湿疣都是因为舐阴或口交而引起的。除以上部位外，尖锐湿疣还可发生于鼻部(鼻背、鼻腔、鼻前庭)、外耳道、眼部(眼睑、眼球结膜)、头面部皮肤、指(趾)间、腋窝、腹股沟、脐部、女性乳房等处，这些部位的尖锐湿疣大多数可能是通过尖锐湿疣患者的手在接触病变后再触摸正常皮肤而导致的自体接种传染。
    有报道鼻背、头面部在理发刀刮伤皮肤后发生了尖锐湿疣，这可能是因为在理发过程中带有HPV的剃刀损伤皮肤后造成的。作者见到1例男性尖锐湿疣患者有挖鼻孔的习惯，在其包皮和龟头患尖锐湿疣后2个多月于右侧鼻前庭发生了菜花状赘生物，经检查确诊为尖锐湿疣，其病变组织HPV检查结果为HPV6型，与外生殖器尖锐湿疣损害的HPV亚型相同，故该患者鼻部尖锐湿疣肯定是自体接种传染的。
    某些特殊部位的尖锐湿疣除自体接种传染外，还可通过性交传染。作者见到另一例女性右侧乳房下的尖锐湿疣是因其丈夫患有外生殖器尖锐湿疣，两者都怕传染与被传染，故男性经常用阴茎在女性乳房间性交，数月后发生了尖锐湿疣损害。
    此外，国外学者报道尖锐湿疣还可发生在膀胱内，确属罕见。膀胱内尖锐湿疣可能多由尿道尖锐湿疣蔓延所致，但也可单独发生。