大量研究表明导致尖锐湿疣复发的因素较多，其中包括一些HPV再感染等因素。
1、尖锐湿疣损害和/或HPV未被彻底去除
尖锐湿疣损害和/或HPV未被彻底去除是造成尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣经治疗去除疣体后仍有45%的患者存在HPV潜伏感染,其中67%的患者表现复发。这表明HPV未被机体彻底清除，残留的尖锐湿疣病变或潜伏HPV感染是尖锐湿疣复发的主要原因。作者认为在尖锐湿疣治疗过程中每一种外用疗法只要仔细操作，尤其是掌握达到彻底去除HPV感染的组织范围和深度则会大大减少尖锐湿疣复发。但在临床治疗过程中并非都能做到这一点，这与操作者技术水平有密切的关系。
在前面已叙述HPV感染部位主要在表皮，尖锐湿疣自表皮向外生长，故无论是外用药物还是用激光疗法等治疗，其治疗深度应达到表皮基底细胞层上方，治疗范围应超过尖锐湿疣损害边缘1～2mm才能将尖锐湿疣病变组织清除干净。然而，在临床治疗过程中即便是做到这点，仍有少数尖锐湿疣患者治疗后复发。朱文元等研究发现在少数尖锐湿疣患者的真皮内检测到HPV DNA ,这一结果表明在尖锐湿疣复发病例中除了皮肤表皮内存在HPV外,真皮内存在HPV是尖锐湿疣复发的另一重要原因。
问题是既然HPV是一种嗜表皮的病毒，为什么HPV会存在于真皮中呢？有几种可能的解释：
①由于皮肤对HPV感染的炎症反应，导致HPV DNA的释放，如炎症引起基底细胞液化变性可以导致HPV颗粒释放到真皮乳头；
②已知艾滋病患者的表皮郎格汉斯细胞、淋巴细胞和单核细胞内可以含有HIV，上述细胞在尖锐湿疣表皮内可能吞噬HPV DNA,他们可以从表皮游走到真皮；
③HPV病毒血症导致真皮内含有HPV，但由于用免疫学的方法未能在血清中发现病毒，故此种可能性极小。
2、尖锐湿疣接种感染
前面已提到在激光疗法和手术切除疗法等治疗的过程中可能将含有HPV的病变组织污染其他部位，如对尖锐湿疣病变周围和远端皮肤黏膜的接种而发生尖锐湿疣。
3、被HPV污染的物品
在尖锐湿疣的传播途径中已叙述其间接传染途径，这也可能成为尖锐湿疣复发因素之一。如患者用过的被HPV污染的毛巾等未加处理，再次接触后可造成尖锐湿疣复发。Bergeron等观察还发现被HPV污染了的内裤也是尖锐湿疣复发的原因。
4、性伴HPV感染或尖锐湿疣存在
患者的性伴有HPV感染或尖锐湿疣未彻底治疗，患者尖锐湿疣治愈后如再次与其性接触后就可以引起尖锐湿疣复发。
5、尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染
尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染存在是引起尖锐湿疣及其复发的最重要的因素。Erpenbach等报道广泛黏膜的尖锐湿疣亚临床表现和HPV潜伏感染可能引起30%~70%尖锐湿疣病例的复发。周华等应用PCR技术检测发现在非皮损区HPV阳性者中有37.5%复发。
6、机体免疫系统的完整性
如前所述尖锐湿疣患者免疫系统发生变化在尖锐湿疣发生发展与消退中起着重要作用。因此，各种内外因素引起机体免疫功能下降，使机体免疫应答的调节紊乱，最终导致完整的细胞免疫系统平衡失调或缺陷是尖锐湿疣复发恶性循环中的一个很重要的因素。
7、其他
引起尖锐湿疣复发的其他因素中有患者个人不良卫生习惯、男性包皮过长、女性各种外阴阴道感染以及其引起的分泌物增多造成局部的潮湿环境等。