尖锐湿疣发病部位主要在男女外生殖器和肛门部位，并且容易发生在温暖、潮湿的皮肤粘膜处。少数发生在外生殖器和肛门以外的部位，如口腔等部位。在男性外生殖器部位的尖锐湿疣主要发生于包皮、冠状沟、系带和龟头，其他部位有尿道口、尿道内、阴茎体、阴茎根、耻部、阴囊；在女性外生殖器部位的尖锐湿疣主要发生于大小阴唇、阴道口、后联合，以及尿道口、隐窝、阴蒂、阴阜、阴道壁、宫颈等部位。肛门区的尖锐湿疣主要发生在肛门、肛门周围、臀间区以及肛管和直肠。
在肛门外生殖器不同部位尖锐湿疣发病情况有所不同。有极少数患者尖锐湿疣损害发生在单一部位，而大多数患者尖锐湿疣损害发生在多个部位，如女性大小阴唇部位发生尖锐湿疣损害，也可伴有阴道壁、宫颈等多个部位发生尖锐湿疣损害，在外阴部发生尖锐湿疣损害者可有肛门部位发病等。Brown等报告男女性外生殖器疣的好发部位及频率。其中肛门区发生频率高低与是否肛交有关尚待进一步观察。研究者观察了肛周尖锐湿疣的发病情况，在708例尖锐湿疣中，肛周受累者188例，占总病例数的26.6％，其中男性104例，占男性患者的25.6％，女性84例，占女性患者的27.9％。外生殖器肛周均受累者116例，占总病例数的16.38％，其中男性41例，占男性患者的10.1％，女性75例，占女性患者的24.9％。外生殖器和肛门均受累者所占比例女性明显高于男性，可能与女性外生殖器官更靠近肛门，使肛周的尖锐湿疣感染率增加有关。