微波治疗：这是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时需远离包皮系带的尖锐湿疣，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
冷冻治疗：液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织(即皮肤损害局部)坏死。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70%左右。治疗过程中除局部红肿，疼痛及水疱反应外，一般无明显后遗症。可用喷雾法或直接接触法，适用于平坦较小的疣体。一般每周冷冻1次，连续2～3次。一般月经后治疗。
激光治疗：对外阴、肛门周围等表浅的湿疣合适；它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体不太大的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。治愈率可达80%。
电灼治疗：过去皮肤科医师常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。它的特点是操作简单，见效快。高频电刀能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底。综上所述，电烧灼治疗，可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。同时要注意无菌操作，预防感染。高频电刀或电针，对宫颈或阴道较小病损治疗较合适。较大的疣则需分批电灼。
手术切除：对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的、较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。根据疣块、覆盖面积，选择病灶切除或外阴切除。
手术刮除法：治疗时左手将病变部位的皮肤或粘膜绷紧，或手持消毒刮匙自根部稍用力将病变组织刮除；彻底清除创面的残余病变组织，然后用33%三氯醋溶液或纯碳酸溶液或3%氯化铁液涂局部。
手术结扎法：适用于单个有蒂的小病灶，局部消毒和局麻后；用镊子将疣组织提起，用止血钳夹根部，再用1号丝线扎基底部，一般于结扎后3-5天，疣体即可脱落。
激光治疗因其见效快，治愈率高而被广泛采用。但从我们的调查结果发现其复发率较高，其原因是多方面的，①治疗不彻底包括特殊部位如肛周，尿道口等的疣体因暴露不良而不易彻底治疗和治疗未达到一定的深度。②亚临床感染：临床上肉眼不能辨认，而醋酸白试验阳性。治疗时疏忽没有常规作此检查，导致没有去除周围的亚临床感染。③隐性感染：感染区域内无可见皮损醋酸白试验阴性，但分子杂交证实有该病毒DNA，这是尖锐湿疣复发的重要原因。④再感染：由于尖锐湿疣多通过性行为传播，治愈后再与其他尖锐湿疣患者发生性行为，则可导致再感染。从上述来看，临床方面的原因占重要地位，假如治疗时连同皮损周围一定宽度的外观正常皮肤（亚临床感染部位）一起清除，就可以尽量减少因临床感染和隐性感染导致的复发，加上适应症的选择和治疗时尽量达到皮损的一定深度，结合宣传教育和性伴侣一起治疗，就可以从临床上最大程度地控制复发。