合理的抗病毒治疗对决定病情转归起着至关重要的作用。 
    一、治疗病例的选择
    1. 急性丙型肝炎：与急性乙型肝炎不同，急性丙型肝炎患者应尽早积极接受抗病毒治疗，抗病毒治疗可以清除部分患者体内的HCV，防止发展为慢性感染者。
    2. 慢性丙型肝炎：慢性丙型肝炎患者接受抗病毒治疗的目的在于防止或减缓发展至肝硬化甚至肝癌。通常认为，HCV RNA阳性，ALT升高的患者才应接受抗病毒治疗。ALT水平正常的患者是否接受抗病毒治疗认识不一，肝纤维化S0、S1期患者也不一定要接受抗病毒治疗。但肝纤维化S2、S3期患者应接受抗病毒治疗，以阻止或减缓发展成肝硬化甚至肝癌。为减少并发症的发生，肝硬化代偿期（Child-Pugh A级）患者也可考虑接受抗病毒治疗。对肝功能失代偿患者，不宜接受抗病毒治疗，而应考虑肝移植治疗。
    二、治疗方案的选择：
    1．急性丙型肝炎：治疗方案通常为干扰素α（IFN-α）3MU，3次/周，疗程为6个月。治疗后发展成慢性丙型肝炎的危险性大大降低。
    2．慢性丙型肝炎：单一IFN治疗慢性丙型肝炎应答率低且复发率高，应尽可能避免使用，仅用于对病毒唑有禁忌证的病例，IFN剂量及疗程与联合治疗方案相同。IFN联合病毒唑治疗，剂量为：IFN-α3MU，3次/周，病毒唑口服每天1000～1200mg（体重超过75kg者用1200mg，小于75kg者用1000mg）。对HCV基因型为2、3型或HCV RNA低于2×106拷贝/ml的基因型1型患者，疗程为6个月；对HCV基因型为4型和HCV RNA高于2×106拷贝/ml的基因型1型患者，疗程为12个月。聚乙二醇干扰素（Peg-IFN）治疗：Peg-IFN注射后在血中可保持有效药物浓度达168h，其疗效明显优于普通干扰素。一项研究对慢性丙型肝炎患者单用Peg-IFN（180μg/次，1次/周，共48周），与普通干扰素α-2a（6MU，3次/周，共12周，继以3MU，3次/周，共36周）治疗进行比较，治疗72周时两种治疗方案产生的持久病毒应答率分别为39%和19%。对难治性HCV基因型1型患者，疗效提高4倍（持久病毒应答率分别为28%和7%）。Peg-IFN联合病毒唑治疗：已作为丙型肝炎的首选治疗方案。一项研究比较了Peg-IFN联合病毒唑、普通干扰素联合病毒唑、Peg-IFN联合安慰剂三种方案治疗慢性丙型肝炎的效果，发现持续病毒应答率Peg-IFN联合病毒唑组为56%，而普通干扰素α-2b联合病毒唑组为44%，Peg-IFN联合安慰剂组为29%。在HCV基因型1型感染的患者中持久病毒学应答率，Peg-IFN加病毒唑组为46%，普通干扰素加病毒唑组为36%，Peg-IFN加安慰剂治疗组为21%。特别是所有HCV基因型感染的患者和HCV RNA基线水平高于2×106拷贝/ml者，应用Peg-IFN加病毒唑治疗更有可能出现持久病毒学应答。1型HCV基因型感染和基线HCV RNA水平高于2×106拷贝/ml者，应用Peg-IFN加病毒唑治疗可显著提高持久病毒学应答患者的比例。
    三、抗病毒治疗应答的定义和预测因素
    抗病毒治疗的应答以生物化学指标（正常的ALT）、病毒学指标（HCV-RNA阴性）和组织学指标结果来判断。依据不同的阶段，治疗应答又分为早期病毒学应答（EVR，是指治疗12周时病毒学应答情况）、治疗结束应答（ETR）和持续应答（SVR），目前的治疗应答是指治疗结束和治疗结束后随访24周时ALT恢复正常和HCV-RNA转阴患者的比例。治疗开始有5个独立的因素与治疗应答有关：有可能获得较好治疗应答的指标包括HCV基因型为2型或3型、基线病毒负荷小于3.5×106拷贝/ml、无门静脉肝纤维化、女性和年龄小于40岁，其中HCV基因型和治疗前病毒负荷是最有效的预测治疗效果的因素。
    四、丙型肝炎抗病毒治疗的禁忌证
    使用干扰素治疗的绝对禁忌证为：有精神病或严重抑郁史、妊娠、未控制的颠痫。相对禁忌证为：有抑郁史、未控制的糖尿病、未控制的高血压、视网膜病、银屑病、有症状的心脏病、自身免疫性甲状腺炎或其它活动性自身免疫性疾病。此外在以下情况应用干扰素治疗还应特别注意：中性粒细胞减少（中性粒细胞计数<1500/mm3）、血小板减少（血小板计数<85000/mm3）、器官移植（肝移植除外）、存在抗甲状腺的自身抗体、老年患者。使用利巴韦林的绝对禁忌证为：肾功能衰竭、妊娠或没有可靠的避孕措施、严重心脏疾病。相对禁忌证为：未控制的高血压、存在冠心病的其它危险因素和贫血。联合治疗过程中也应注意以上禁忌证。
    五、丙型肝炎抗病毒治疗的新希望
    最近《自然》杂志报告研制出一种抗HCV药物名叫BILN 2061，能阻断HCV NS3酶的功能。丙型肝炎患者分别服用安慰剂或者含有BILN 2061的药液，每天2次，共服用2d。结果服用BILN 2061后，患者体内的丙型肝炎病毒水平下降了100多倍。而采用既往的干扰素和病毒唑联合治疗，需要12周时间才能取得类似疗效。该药的安全性和有效性需进一步评估。