聚乙二醇干扰素联合利巴韦林是目前慢性丙型肝炎治疗的标准疗法。抗HCV病毒治疗的主要终点是持续病毒学应答（SVR），其定义是在治疗结束后24周患者血清中时不能检测出HCV-RNA。在绝大多数患者中均可以产生SVR，HCV感染看来是可治愈的。难治性病例是哪些经过标准治疗不能够产生SVR的患者。在治疗的早期有相当一部分患者可以被早期识别。在接受标准治疗的患者如果在治疗12周时其血清HCV-RNA下降低于2Log10国际单位，则其获得SVR的机会非常渺茫，这种病人可以中止治疗。
　　标准治疗没取得SVR的患者的原因是多因素的，可能与治疗计划、宿主因素、疾病相关性特征、和病毒因素有关。治疗失败的一个重要因素是依从性差。其它因素包括酒精滥用和静脉内滥用药物。而老年、男性和高体重与较低的应答率呈负相关。病毒学因素在治疗失败中具有重要作用，基因2、3型产生病毒学应答较基因1、4型明显高。
　　因为一些共同的传播途径，在慢性丙型肝炎患者中约有1/3的患者同时伴有HIV感染。
　　对难治性患者（包括HIV/HCV合并感染者）的未来治疗需要新的治疗措施。有四类治疗措施有希望在未来的5～10年应用于临床治疗中，这四类疗法是：干扰素，包括具有增强活性和改善的药物动力学的新干扰素分子；利巴韦林和利巴韦林样分子；特异性HCV复制抑制剂，包括HCV蛋白酶抑制剂、HCV多聚酶抑制剂、HCV螺旋酶抑制剂、和HCV内切酶位点抑制剂；免疫治疗，如新的免疫调节剂和治疗性疫苗。当然这些新疗法的联合治疗也可能是未来研究的一个重要方向。对于哪些不能取得病毒清除和肝病似乎在进展期的患者，采用“抑制性”治疗、非治愈性治疗如维持治疗和联合抑制HCV病毒的复制可能是目前唯一的治疗选择。