传统治疗方法：
传统治疗生殖器疣（菜花）的方法主要是清除疣为主，这些以外科切除治疗、涂抹抗肿瘤外用药物等传统治疗方式，往往有治疗过程痛苦、复发率高等问题，而必须至医疗院所持续接受治疗，也常让身染菜花性病的患者备感心理压力与困扰。
而在传统疗法中，没有什麽方法可以有效避免造成生殖器疣的主要病因━人体乳突病毒HPV━的感染与复制，或者预防恶性疾病的进展。同时由於生殖器疣周围的皮肤往往也有无症状的感染，所以如何针对病毒本身，而不是仅仅清除生殖器疣病灶的治疗，是一项重要的课题。
目前治疗方式：
有效清除生殖器HPV感染和复制，预防恶性疾病的进展，而不是仅仅清除疣的治疗较为可取。
1) 切除治疗
手术切除
利用外科手术也是常见的生殖器疣治疗方式，切除是肛周和直肠内疣的有效治疗方法，复发率相对较低（研究的资料为29%），操作方法也很安全，可以在门诊局麻下治疗。往往可以避免结痂和肛门狭窄。
冷冻治疗
冷冻治疗对微小的孤立生殖器疣和肛门疣有效，这种技术包括对疣和附近小范围区域实行冷冻，待组织被破坏後再以手术刀切除疣。冷冻疗法所使用的药物是液态氮，其副作用有疼痛和偶发溃疡。
电烧手术
电烧手术是以局部麻醉的方式和手术用的电烧刀烧除生殖器疣，术後局部以抗生素药膏每天涂抹，约两星期手术患部可痊愈。根据临床结果，采用电烧手术的复发率非常高，几乎达80%以上。
而电烧手术有时因医师临床经验不够，而将海绵体等组织结构烧坏，久久不能愈合，使患者苦不堪言。
雷射烧除
对於较深处的菜花，如尿道内菜花或子宫颈的菜花，藉由二氧化碳雷射蒸发烧除生殖器疣是较合适的治疗方式。雷射烧除与其他方法相比的主要优点，是能控制组织破坏的范围和深度。雷射治疗与阴道镜相结合，可用於治疗生殖器疣。但医生的操作技巧是治疗成功的关键。
雷射烧除手术的伤囗愈合较电烧手术快。这种方法治疗时病人往往需要全身麻醉，副作用包括疤痕和疼痛。二氧化碳雷射治疗的费用也相当高。
2) 局部治疗
除了以切除治疗的方式清除明显的生殖器疣病灶外，针对范围较大、或是较小的生殖器疣也有采取以三氯乙酸（TCA）化学烧灼剂，或Podophyllin、Podophyllotoxin或5FU（5-Fluorouracil）等含抗癌成份的药膏进行治疗。
使用这类药物要非常小心，因有烧灼及腐蚀的功能，若碰到正常的组织，则会有疼痛感，严重会使整片组织红肿溃烂，几个星期后会改善。若自行增加涂抹剂量及次数，结果导致严重的後果。因有这些副作用，所以在一般门诊使用时，医师及患者皆要非常小心。
Podophyllin广泛用於治疗外生殖器疣已经有多年历史，这种药物的使用也有一些令人担心的问题。局部反应有时很严重，大范围涂抹则有全身毒性，极少数情况下可能导致死亡。
Podophyllotoxin是Podophyllin的纯化物，因为这种药物可以自己使用。这样就减少了看医生的次数。其全身毒性也比Podophyllin少，局部刺激轻微。但是Podophyllin有致畸作用，所以禁用於孕妇，建议妊娠期间也应当避免用Podophyllotoxin。
外用5-FU已普遍用於治疗生殖器疣，特别是尿道内病变，用5-FU治疗的效果非常好。5-FU还用於治疗阴道内生殖器疣，用这种药物会引起快速增生组织的坏死和脱落，由于其无法忍受的疼痛而限制了它的应用。因5-FU是一种抗代谢药，通过上皮表面吸收，所以禁用於孕妇。
3) 干扰素Intron-A注射治疗
干扰素（IFN）能刺激免疫系统，咪喹莫特乳膏问世以前，是抗病毒治疗的唯一方法。干扰素是一类具有抗病毒、抗增生和免疫调节作用的糖蛋白，可以治疗HPV感染，用药方式包括病变部位内注射、和全身皮下注射。
IFN全身用药有较多副作用，包括：疲劳、发热、肌肉痛、头痛、以及血液系统和肝功能试验的异常。向疣根部注射干扰素（IFN）时有局部疼痛。有些病人（约30%）注射後可能有流行性感冒样症状，病变部位内用IFN也需要一周3次的门诊治疗，因此总体的治疗费用也较高。干扰素治疗清除外生性疣的效果目前还较为有限。
4) 免疫反应类型治疗━━免疫反应调节剂咪喹莫特类软膏
这是一种非切除式以及非组织破坏型的治疗，采用的药物是咪喹莫特，5%乳膏剂适用於治疗男性和女性病人的外生殖器和肛周疣。
此疗法的作用机制是诱发细胞激素与介导性免疫系统，可帮助病患产生自体免疫能力来对抗病毒，新一代的『免疫反应调节剂』不会直接对抗HPV病毒，而是诱发先天性免疫系统，促进细胞激素的释放，使免疫系统认出并对付带有HPV病毒的异常宿主细胞，因此由细胞增生而成的疣就会自然消退。
此疗法与传统疗法最大的差异与优点，就在於此疗法为温和渐进式的治疗方法，常见於组织坏死性疗法常见的高复发率，再患者采用免疫反应疗法时，因可以由诱发人体自身免疫系统抵抗HPV病毒，来达到治疗的效果并大幅降低复发率。
尤其是患者可在家依照医生指示自行涂抹，免除了组织坏死性疗法所造成的疼痛、以及无法兼顾病患隐私的困扰。再者乳膏可以局部施药，对於大范围的患部而言尤其适合。