健康的人能与可阻止病原微生物入侵的一类微生物群和谐相处,共同生活.这类微生物在体内的定居部位与组织嗜性有关,有些组织可以定居,有些则不能.它们包括两种：常驻菌群和临时菌群.前者持续存在,一旦紊乱,能迅速重建,后者只能存在几小时到几周,不能使自己长期存在.细菌和真菌是主要的共生菌群.

　　很多因素(如饮食,卫生健康状况,污染的空气)可影响正常菌群的种类.以奶制品为主食的人群,乳杆菌是肠道常见的共生菌；慢性阻塞性肺病(COPD)患者气管支气管中主要定居的是流感嗜血杆菌.

　　病原菌偶尔也构成正常菌群的一部分,它们能引起疾病,特别在患者防御屏障打破后.