衣原体属中被确认的有3个种：引起鹦鹉热的鹦鹉热衣原体,引起衣原体肺炎的肺炎衣原体和沙眼衣原体.沙眼衣原体包括15个血清型,可引起很多疾病.血清型A,B,Ba和C引起沙眼和包涵体结合膜炎；D至K型引起性传播疾病；L 1 和L2 型引起性病淋巴肉芽肿；L3 型引起小鼠肺炎.
沙眼衣原体是美国性传播疾病最常见的病原体,包括男性的非淋菌性尿道炎和附睾炎；女性的子宫颈炎,尿道炎和盆腔炎症性疾病；Reiter综合征；新生儿结膜炎以及通过母亲传染而获的肺炎.20%的成人咽炎归因于沙眼衣原体.
肺炎衣原体(以前称为TWAR)原先认为是鹦鹉衣原体的一种血清型,现在认为是一独立的种,可引起肺炎,特别多见于儿童和青年成人.各家研究表明,社区人群获得的肺炎中由肺炎衣原体引起的占6%~19%.但在临床上不能与支原体引起的肺炎区别.虽然有的研究认为5岁以下儿童的衣原体肺炎不常见,但有的研究指出6%~9%的病例由衣原体所致.未发现发病有季节差异.在动脉粥样硬化的病变区发现有衣原体,因此衣原体感染与冠心病危险性增高相关,但因果关系尚未明确,治疗试验尚在进行中.
鹦鹉衣原体可感染很多动物,但人类的感染与接触鸟类密切相关.
组织培养可分离出衣原体,直接荧光抗体和酶免疫试验也可检测衣原体.在感染率低的人群中,可用血清学试验排除衣原体.
治疗可用四环素类,大环内酯类和某些氟喹诺酮类药物,疗程≥2周可降低复发.