肝脏在大多数药物的代谢中起着重要作用.这些药物常在肝脏内经过生物转化作用而获得药理活性和/或排出体外.药物在肝内的分解与代谢一般分两个阶段：Ⅰ相反应,通过氧化,还原或水解作用将药物转化成相应产物；Ⅱ相反应,将药物或Ⅰ相代谢产物与内源性物质(如葡糖苷酸,硫酸)结合产生一个极性易排出性产物.Ⅰ相反应首先发生的氧化反应由肝内单氧化酶(混合功能氧化酶)催化进行.这组酶是以血红蛋白细胞色素P-450为核心酶的复杂微粒体系统.该酶系统受遗传因素控制,对多种诱导(刺激)或抑制因素(如药物,杀虫剂,除草剂,吸烟及咖啡等)亦非常敏感,因此在健康人中,药物的肝内代谢差异很大.

　　很多药物可通过诱导P-450加速自身的分解.因为这种作用通常是非特异的,其他药物的转化也可因此而加速.这种诱导常可引起一些潜在重要的后果,例如：同时口服抗凝剂和苯巴比妥的患者,如果突然停用后者则会导致出血,因为苯巴比妥是一种较强的细胞色素P-450诱导剂.同样,乙醇也具有诱导作用,因而酗酒者对镇静剂及其他一些药物具有耐受性.相反,有些药物(如甲氰咪胍,酮康唑)可抑制P-450酶活性,因而可延缓其他药物的代谢.

　　药物生物利用度也受肝脏从循环系统中清除药物能力的调节,这依赖于肝血流和肝细胞对药物的清除效率(或称廓清率).如后者很高,则药物(如心得安,利多卡因)的廓清就主要依赖于肝脏的血流量；如果肝细胞对一些药物(如茶碱,华法林,地西泮)的廓清速度较慢,肝血流量的影响也就较小.大多数药物是以中等速度被清除的,受肝血流量和肝廓清力改变的影响.